太一達とネット上に現れた謎のデジモンの死闘から3年後の2003年3月25日。謎のメールを開くとクラモンが現実世界に現れる現象が各地で多発する。さらに太一とヤマトの名前・写真を大量にネット上に流され、それらの元凶が生き残っていたディアボロモンの仕業と発覚。ディアボロモンを倒すため、前作と今作の選ばれし子供達が総動員で撃退に挑む。
太一とヤマトは最強のデジモンオメガモンを生み出し、ネットで再びディアボロモンとの戦いを挑む。タケル、ヒカリの協力もありディアボロモンを倒すが、それはディアボロモンの真の逆襲の始まりに過ぎなかった。
そして戦いの舞台はネット世界から現実世界へ移っていく。
声優・キャラクター
木内レイコ、夏樹リオ、浦和めぐみ、荒木香恵
