2006年アニメ1位コードギアス反逆のルルーシュ（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年秋アニメ |
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2006年放送アニメ
2006年アニメ2位 銀魂（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年春アニメ |
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2006年アニメ3位 BLACKLAGOONブラックラグーン（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年春アニメ |
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2006年アニメ4位 時をかける少女（アニメ映画）
| 放送 | 2006年7月15日 |
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2006年アニメ5位 涼宮ハルヒの憂鬱（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年春アニメ |
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2006年アニメ5位 DEATHNOTE-デスノート（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年秋アニメ |
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2006年アニメ7位 ひぐらしのなく頃に（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年春アニメ |
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2006年アニメ8位 BLACKLAGOONTheSecondBarrage[ブラックラグーン・ザ・セカンドバラージ]（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年秋アニメ |
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2006年アニメ9位 ゼロの使い魔（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年夏アニメ |
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2006年アニメ10位 Fate／staynight[フェイト／ステイナイト][スタジオディーン版]（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年冬アニメ |
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2006年アニメ11位 Kanonカノン[京都アニメーション版]（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年秋アニメ |
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2006年アニメ11位 桜蘭高校ホスト部（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年春アニメ |
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2006年アニメ13位 うたわれるもの（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年春アニメ |
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2006年アニメ14位 NHKにようこそ！／N・H・Kにようこそ！（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年夏アニメ |
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2006年アニメ15位 ARIATheNATURAL（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年春アニメ |
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2006年アニメ16位 攻殻機動隊S.A.C.SolidStateSociety[ソリッドステートソサイエティ]（OVA）
| 放送 | 2006年9月1日 |
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2006年アニメ17位 ZEGAPAINゼーガペイン（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年春アニメ |
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2006年アニメ18位 HELLSINGOVA（OVA）
| 放送 | 2006年2月10日 |
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2006年アニメ19位 それいけ！アンパンマンいのちの星のドーリィ（アニメ映画）
| 放送 | 2006年7月15日 |
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2006年アニメ20位 D.Gray-man[ディーグレイマン]（TVアニメ動画）
| 放送 | 2006年秋アニメ |
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