1999年アニメ1位 ONEPIECE-ワンピース（TVアニメ動画）
| 放送 | 1999年秋アニメ |
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1999年放送アニメ
1999年アニメ2位 HUNTER×HUNTER-ハンターハンター（TVアニメ動画）
| 放送 | 1999年秋アニメ |
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1999年アニメ3位 デジモンアドベンチャー（TVアニメ動画）
| 放送 | 1999年冬アニメ |
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1999年アニメ4位 無限のリヴァイアス（TVアニメ動画）
| 放送 | 1999年秋アニメ |
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1999年アニメ5位 カードキャプターさくらさくらカード編（TVアニメ動画）
| 放送 | 1999年夏アニメ |
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1999年アニメ6位 るろうに剣心明治剣客浪漫譚追憶編（OVA）
| 放送 | 1999年2月20日 |
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1999年アニメ7位 ∀-ターンエーガンダム（TVアニメ動画）
| 放送 | 1999年春アニメ |
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1999年アニメ8位 超生命体トランスフォーマービーストウォーズメタルス（TVアニメ動画）
| 放送 | 1999年秋アニメ |
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1999年アニメ9位 サウスパーク[SOUTHPARK]（TVアニメ動画）
| 放送 | 1999年春アニメ |
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1999年アニメ10位 地球防衛企業ダイガード（TVアニメ動画）
| 放送 | 1999年秋アニメ |
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1999年アニメ11位 GTO[ジーティーオー]（TVアニメ動画）
| 放送 | 1999年夏アニメ |
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1999年アニメ12位 のび太の結婚前夜Thenightbeforeawedding（アニメ映画）
| 放送 | 1999年3月6日 |
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1999年アニメ13位 apieceofPHANTASMAGORIA[アピースオブファンタスマゴリア]（OVA）
| 放送 | 1999年3月25日 |
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1999年アニメ14位 THEビッグオー（TVアニメ動画）
| 放送 | 1999年秋アニメ |
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1999年アニメ15位 頭文字DSecondStage（TVアニメ動画）
| 放送 | 1999年秋アニメ |
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1999年アニメ15位 少女革命ウテナアドゥレセンス黙示録（アニメ映画）
| 放送 | 1999年8月14日 |
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1999年アニメ17位 ゾイド-ZOIDS（TVアニメ動画）
| 放送 | 1999年夏アニメ |
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1999年アニメ18位 名探偵コナン世紀末の魔術師（アニメ映画）
| 放送 | 1999年4月17日 |
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1999年アニメ18位 劇場版カードキャプターさくら（アニメ映画）
| 放送 | 1999年8月21日 |
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1999年アニメ18位 劇場版ポケットモンスターミュウツーの逆襲完全版（OVA）
| 放送 | 1999年11月12日 |
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