ポケットモンスター10周年記念として、2006年4月29日にアメリカにて初放送された。
原題は『TheMastermindofMiragePokémon』。本編（分数）は40分。
日本では同年10月13日から10月31日まであにてれ、BIGLOBEストリーム、フレッツ・スクウェアにて日本語吹き替え版の逆輸入として期間限定配信された。
ドクター・ユングの招待を受け彼の研究所に行くことになったサトシ、ハルカ、マサト、タケシ。
4人が研究所につくとそこには同じく招待されたオーキド博士とカスミの姿があった。
再会を喜ぶ彼らの前にドクター・ユングが現れる。
サトシとカスミは彼が作成したバトルシステム「ミラージュシステム」が作った「幻のポケモン」とバトルをすることになるが、そこへ謎の人物「ミスター･ミラージュ」が現れて「ミラージュシステム」の制御を奪い、同時にドクター･ユングを連れ去ってしまう。
そしてサトシ達はミラージュシステムから生み出された幻影のポケモンたち（ミラージュポケモン）に襲われ、研究所から追い出されてしまう。
ドクター･ユングを助け出すため、サトシ達はそれぞれ別の行動に出る。
サトシとカスミはドクター･ユングを助けるため地下水路を通って研究所に再び入るが、そこで二人が目にしたのは…
