美しい高原の街「グリーンフィールド」に父親のシュリーと共に暮らすミーという少女がいた。
ある日、父親が遺跡の調査中に行方不明となった。父親が残した奇妙なカードをミーが並び替えた時、謎のポケモン「アンノーン」と共にエンテイが現れた。
一方、サトシたちも旅の途中で「グリーンフィールド」を訪れていた。突如グリーンフィールドがクリスタルで囲まれたことに困惑するサトシ達の前にエンテイが現れ、偶然現場に居合わせたサトシの母親を連れ去ってしまう。
サトシは母親を救うため仲間と共にグリーンフィールドの中心に出来た結晶塔へ向かう。
