ある時、デジタルワールドの片隅でオメガモンは、アポカリモンのデータの残骸から生まれたメフィスモンを追って激しい戦闘を繰り返していた。しかし、あと一歩のところでメフィスモンを現実世界へ取り逃がしてしまう。
一方、現実世界は夏休みの真っ只中。家業で休みがとれない両親に代わって、啓人は沖縄まで墓参りに行くことになってしまう。その頃、世間では自律思考をもった電子ペット「Vペット」が大流行。一家のPC一台に必ず「Vペット」一匹がいるほどで、今やネットワーク中に「Vペット」が溢れている。
しかし、まさかそれが、ある者の恐ろしい企みの一端とは誰も知る由も無く、啓人はしぶしぶ（ギルモンと共に）沖縄へ向かうのであった。
声優・キャラクター
金田朋子、多田葵、千葉千恵巳、松岡由貴、秋谷智子、宍戸留美、宮原永海、三石琴乃、サエキトモ、津久井教生
